比如最常見的頂樓加蓋，明明就是違法、應該拆除，但基於各種似是而非的理由或因素，使其持續存在；更糟糕的是，官方還照收房屋稅。因此，一旦整棟建物要談整合都更時，違建屋主當然會拿這部分來主張若干權利；但看在其他同棟住戶或整合業者眼中，肯定是無理要求。這樣一來，自然更增加都更整合難度。

但違建及其產生的問題，在非都市地區同樣常見，甚至造成更大問題，那就是所謂的農地違章工廠；先不談這些違章工廠違法在先，更糟糕的其實是，就算是所謂低汙染，仍可能讓原本應生產糧食的良田，變成寸草不生的惡地，等於形同國安問題。

然而，同樣被冠上歷史共業之名，官方現在的處理方式，比起都市違建，可說是『更上層樓』！根據稍早立院經濟委員會剛初審通過的《工廠管理輔導辦法》，這些長在農地上的違章工廠，只要是低污染者，明訂兩年內申請納管，並在一年緩衝期內提出、兩年內完成改善計畫，則最遲修法完成十年內，便可取得特定工廠登記。

這樣的做法，形同讓根本違法在先的農地工廠就地合法，且幾乎不用付出任何代價！對此，環團及關心農業發展的NGO團體，當然要高分貝質疑。然而以上做法還不夠誇張；根據報導，民進黨立委林岱樺之提案還打算更進一步，不但變更地目只需繳納極低比例回饋金，甚至還打算開放到(合法後)可自由買賣！

這樣搞下去，住展房屋網企研室必須不客氣說，其惡質的程度，比起放任都市違建存在，絕對有過之而無不及！面對外界質疑，主事者卻又拿出經濟開發或中小企業生計的大旗來搪塞？但說難聽點，還不是為了選票綁樁！

如果當權者仍執意蠻幹，讓違章工廠就地合法，那麼住展房屋網企研室認為，既然如此，還要國土計畫法幹啥？根本也不需要劃設什麼國土保育或農業發展區，乾脆全島都劃成城鄉(經濟)發展區就好啦！